当工作地与公司注册地不在同一城市时，应选择

可选择工作地或公司注册地申请仲裁。依据《劳动争议调解仲裁法》，仲裁申请需向有管辖权的仲裁委提出，未及时申请可能导致权益受损，如错过时效期等。
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可两地选其一申请仲裁。操作如下：1.确定仲裁地点，考虑交通便利和证据收集；2.准备书面申诉材料，详细陈述争议事实；3.提交申请至选定仲裁委，等待受理通知；4.如受理，参与后续调解或庭审；5.根据仲裁结果决定是否进一步行动。
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常见处理方式为选择工作地或注册地仲裁委申请。选择时应考虑便利性、证据收集难易度及对方可能提出的异议，综合判断后决定。